Kirke Saaby omtales første gang i 1370 i en af Roskilde bispestols jordebøger, da som en eksisterende by. De ældste former af navnet lyder: Sauby, Sawby eller Saweby. Stavemåden varierede noget. Navnets betydning er usikker, men kan tænkes at referere til "søen" - mosen mellem Saabyerne. I år 1400 sættes "Kirke" foran første gang.
I middelalderen lå Voldborg Herreds tingsted øst for Kirke Saaby, og meget taler for, at dette også var tilfældet i oldtiden. Bl.a. mødes oldtidens vejsystem i byen og de store bronzealderhøje, Præstehøje, der ligger på række, vidner om et væsentligt vejforløb og en koncentreret bebyggelse. Fund fortæller om en meget rig bronzealder på stedet, men hvor bebyggelsen lå vides ikke. Herudover benævnes bakken ud mod Abbetved som "Galgebakken".
Saaby Kirke er usædvanlig. Den er romansk, opført af frådsten i første fjerdedel af det 11. århundrede, som en fornem herregårdskirke. Kirkens forbillede er den gamle frådstenskatedral i Roskilde, og havde som den to tårne - tvillingetårne. I tilknytning til kirken fandtes tidligere herreds-tinghus og kirkelade.
Fra byens tidligste historie vides ikke meget. Der var en kongelig foged i byen i middelalderen. I 1600-tallet havde byen 21 gårde, der som andre steder efterhånden var kommet under godserne. Ledreborg blev med tiden den største ejer, men også Lindholm, Åstrup og Ryegård optrådte som ejere.
Ved udskiftningen, der fandt sted i 1795, gennemførtes en såkaldt stjerneudstykning, der den dag i dag er ret intakt og stadig præger landskabet. Ved denne lejlighed nedlagdes tre gårde og 26 husmænd fik egne lodder på den ringeste jord.
Et virkelig interessant træk i byens historie er de mange fabrikker, som den legendariske og foretagsomme provst Heiberg skaffede til egnen sidst i 1700-tallet. Der kan nævnes floretspinderi (silke), væveskole, bomuldsspinderi og den kendte plet- og knapfabrik, der oprettedes af hofjuveler Fabritius. Fabrikken havde i en snes år en stor og meget moderne produktion af bl.a. smykker, blanke våben og knapper og andet udstyr til hær og flåde. Fabriks-komplekset dækkede et større område med værksteder, beboelse, udhuse o.s.v. Tilbage af "Fabrikshuset" er nu kun Morsøvej 7, der hører til landets ældste industribygninger. Ved Morsøvej 7 og 9 fandtes der også tidligere en bybrønd.
Som sognets hovedby fik Kirke Saaby tidligt en vis centerfunktion med kirke, præstegård, skole, forretninger og håndværkere, og senere også administration. Den gamle skole - nu bibliotek - er fra 1858. I 1900 kommisionshuset "Emmaus", i 1908 forsamlingshuset og i 1910 vandværket. Den nuværende skoles ældste bygninger er fra 1939, og kommunekontor/alderdomshjem (nu Såbyhus) kom i 1953.
Fra 1925 til 1936 var Kirke Saaby stationsby, da den sjællandske midtbane fungerede. En byudvikling nåede at begynde på "stationsvej" (Acacievej), men blev brat afbrudt ved banens nedlæggelse. Stationen blev siden landpolitistation.
Byens udvikling siden 1960 har været eksplosiv. Store parcelhus-kvarterer er skudt op nord og syd for den gamle landsby.
I selve landsbyen er der også kommet nyt byggeri til og i dag består bebyggelsen af vidt forskellige elementer spændende fra fine 1700-tals bygninger til nye typehuse.
Bebyggelsen anvendes i dag overvejende til beboelse. På grund af byens funktion som lokalcenter har der været en del forretninger og andet erhvervsliv. I dag er kun få af disse tilbage. Desuden indgår fungerende gårde med deres store avlsbygninger i bybilledet.
Byens oprindelige struktur som en uregelmæssig vejforteby (d.v.s. med et åbent fællesareal midt i landsbyen) kan stadig følges i vejforløbet. Desuden udgør landsbyens østlige afgrænsning med de store gårde og tilhørende haver et markant oprindeligt træk.
Vil I vide mere om byen kan der lånes flere bøger og skrifter på biblioteket. Også Egnshistorisk forening har en lang række hæfter. Disse kan erhverves enten gennem foreningen eller ved henvendelse til oldermanden.